1、直接施用
畜禽粪便直接还田是 一种传统而又经济简便的方式。巧施牛粪可治茄子根腐病。生长牧草的土壤长期施用牛粪，会使土壤对磷的吸收附点位数量明显低于施用化肥；而畜禽粪便的直接还田对农作物会产生一定的毒害，且其水分含量较高，大量施用时不方便。因此，在施用前需要一定的堆肥处理。
2、腐熟堆肥法
堆肥化技术是 目前应用最多、最广泛的一种畜禽粪便的处理方法，采用良好的堆制技术，能在较短的时间内使粪便脱水、减量和无害化。畜禽粪便堆肥是 在人工控制条件下，按照堆肥要求水分、物料颗粒大小、碳氮比及通风量等条件，使物料混合均匀堆积，依靠细菌、放线菌及微生物的作用，可进行生物化学反应，将畜禽废弃物中不稳定的、复杂的有机成分加以分 解，进而转变为稳定的简单的有机质成分。同时，随着温度的升高可消灭堆肥原料中的蛆蛹、虫卵及病原菌等，因而经过处理后的物料可以作为一种良好的有机肥施用。通风、温度、含水率、碳氮比、填充料和pH值是 堆肥过程中主要影响因素。牛粪颗粒化有机肥，粪便干湿分离机解决了贮藏和运输不便的问题。芽抱杆菌是 堆肥过程中起主要作用的堆肥微生物，且当温度上升50℃时，病原细菌会迅速死亡。pH值小于6时会抑制堆肥反应的进行。Huang等Czzl研究表明，采用通风的堆肥方式有利于加快堆肥的腐熟；腐熟堆肥营养丰富、肥效持久、处理时间短，并且处理设备成本低，对环境不会造成二次污染，有助于改良土壤的结构。堆肥处理技术是 一种资源化循环再利用和及废弃物处理于一体的好方法。
3、生物处理法
蚯蚓叫处理过的畜禽粪便有机肥施用与农田中，与未利用蚯蚓叫处理的有机肥相比，农田土壤中P，K会增加。 培育出北方寒地耐低温蚯蚓叫品种，用于处理粪便，得到蚯蚓叫堆制多功能有机肥，保障了土壤肥力资源的的持续利用。蚯蚓叫堆肥可以作为一种滤泥转变为土壤肥料的处理技术。
通过蚯蚓叫处理牛粪和厨房垃圾混合物，会降低碳氮比。BYM研究了一种新型生物制剂，包含自然界中分离出的有益微生物(酵素菌、丝状菌及细菌)，在发酵过程中，多种有益菌快速增值，分泌出多种活性分 解酶，其具有很强的催化分 解能力，可催化农作物废物、畜禽粪便等有机物，形成腐殖质。
